西元325年尼西亞會議上，除了逾越節爭論外，另一個重要的議題是關於阿里烏主張的爭論。這場爭論甚至導致了大量流血事件，成為歷史中的一段黑暗篇章。
阿里烏的主張
阿里烏是埃及亞歷山德里亞教會的長老，他提出了特殊的主張，引起了爭議。概括他的主張如下。
- 基督是穿著肉身的邏各斯（希臘文，λóγoς-「話語」、「真理」）。
- 基督會變，會受苦受難。
- 因此，邏各斯會變，與上帝不同。
阿里烏主張耶穌不是上帝，而是上帝創造的被造物，所以不是永恆的。就像聖父的第一個被造物是聖子一樣，聖子的第一個被造物是聖靈。
阿里烏是一個出色的宣傳者，他為了自己的教理，把引用的聖經句子以容易背誦的韻詩形式傳播開來，這些歌曲在街頭被傳唱，連漁夫們也跟著唱。
於是，亞歷山德里亞主教亞歷山大召開了會議，把阿里烏逐出教會。被逐出亞歷山德里亞的阿里烏開始在東方各地旅行，說服了幾位主教並獲得了他們的支持。
隨著支持阿里烏的教職人員增多，問題逐漸擴展，基督自使徒時代以來傳承下來的「神性」受到了阿里烏的挑戰。於是，這個問題不僅僅是亞歷山德里亞地區的問題，而是蔓延成了全球性的問題。
尼西亞會議
西元325年，自稱為「教會的守護者」、在教會之上居於統治地位的君士坦丁大帝，為了解決逾越節問題和阿里烏問題，召集各地的主教們聚集在尼西亞召開會議。會議期間的費用由皇室承擔。
當時，站在阿里烏對立面的人正是亞他那修。他也是亞歷山德里亞出身的希臘人，主張上帝與基督是平等的，並堅決反對阿里烏的主張。
在325年的尼西亞會議上，參加的約300位主教中有20多名是阿里烏的追隨者。君士坦丁大帝命令所有主教簽署尼西亞信條，內容為耶穌基督與上帝同質。他還要求，如果不同意這一內容，就應被定為異端。在這次會議上，阿里烏被定罪，並與未簽署信條的利比亞主教德奧納斯和塞昆德斯一起被流放到伊利里庫姆地區。
阿里烏派的反擊
兩年後，阿里烏宣稱自己已經悔改，與他一起被逐出的主教們也重新回到了教會。回歸後，他們隱秘地擴展勢力，傳播教理，並開始對對方進行報復。
他們指控反對派是不道德的人，或者污蔑君士坦丁大帝的母親海倫娜的名譽。並且他們還攻擊了曾是亞歷山德里亞教會主教的亞他那修，使他被流放。
支持阿里烏主義的皇帝
西元336年阿里烏去世，次年君士坦丁皇帝去世。阿里烏的追隨者們將阿里烏的主張公論化，擴大了勢力。此時，羅馬帝國被君士坦丁的三個兒子統治。君士坦丁二世統治西方，君士坦斯統治中部地區，君士坦提烏斯統治東方。君斯坦丁二世因為支持尼西亞教理，從流放地召回了亞他那修。君斯坦斯也支持尼西亞教理，但君斯坦提烏斯卻不同。因為他的統治地區是受阿里烏派影響的地方，所以支持了阿里烏派。
不久之後，君士坦丁二世去世，西部地區被君士坦斯統治。10年後，君斯坦斯也被暗殺，羅馬帝國捲入戰爭，最終被統治東方的君士坦提烏斯統一。君士坦提烏斯是阿里烏主義的支持者，阿里烏派皇帝統治了羅馬全境，他強迫主教們接受聖子不像聖父的教義。羅馬主教利貝里烏斯也在被流放前夕接受了這一新教理。
信奉異教的尤利安努斯皇帝
不久後，駐紮在巴黎的羅馬軍隊違背了君士坦丁大帝的命令，引發了暴亂，並宣稱他們的領導人尤利安努斯為皇帝。然而，在兩軍交戰之前，君士坦丁大帝去世，尤利安努斯成為了羅馬帝國的皇帝。他是君士坦丁大帝的侄子，但並不信仰基督教，而是沉迷於厄呂西尼亞人的神秘宗教，努力恢復古老的異教信仰。他還利用羅馬皇帝所擁有的大祭司職權（Pontifex Maximus：羅馬宗教界最高職務，作為大祭司負責神與百姓之間的仲介。自古以來，羅馬皇帝一直擔任太陽神教的大祭司，而君士坦丁大帝及其兒子也依此權力干涉教會）為異教神明舉行祭祀。
尤利安努斯首先推行了將所有宗教視為平等的政策。於是，長期被排斥的異教得到了復興，異教徒的數量開始增加。皇帝為了分裂基督教，計劃讓他們內部相互爭鬥並造成重大傷害，於是召回了所有被流放的主教。然而，除了非洲地區，其他一直爭鬥的主教們卻更加意識到尤利安努斯和異教的影響，反而開始聯合起來。
羅馬帝國的分裂和阿里烏主義國家的滅亡
尤利安努斯去世後登基的約維安皇帝是基督徒。之後，基督徒皇帝接連執政，他們對尼西亞信條和阿里烏主義都很寬容。然而，從5世紀中期開始，羅馬帝國開始急劇衰落。來自北方的日爾曼部落分割並占領了羅馬帝國的領土。此時，基督教的領袖們成為了俘虜，有的開始在這些部落中進行宣教活動，或者自願進入這些部落進行傳道。這時，阿里烏主義者將阿里烏主義的基督教思想傳播給了黑如萊、汪達爾和東哥特等民族。然而，這些民族最終被信奉天主教的勢力一個個摧毀。
尼西亞信條和阿里烏主義的影響
此後，尼西亞信條被接受為基督教的正統教理。即使是主導中世紀宗教黑暗時代的天主教，以及宗教改革後出現的眾多新教派，也將尼西亞信條作為基本教理，稱之為「三位一體」。然而，仍然有一些教派，如耶和華見證人，否認基督的神性，並主張聖父與聖子在本質上存在差異，這可以說是「現代版的阿里烏主義」。
尼西亞信條的局限性
尼西亞會議雖然否定了阿里烏主義，採納了聖父與聖子平等的信條，但尼西亞信條仍未能接近「聖三位一體」真理的核心。尼西亞信條中，耶穌基督被稱為「聖父的獨生子」和「與聖父同質」，從而提出了「聖父=聖子」的概念，但這個概念仍然模糊不清。因此，直到今天，許多信奉三位一體的基督徒和神學家們，雖然容易承認「耶穌基督是上帝的兒子」，但卻難以直接承認「耶穌基督就是上帝」這一部分。
因此，他們有時會傳達一種奇怪的三位一體教理，如「聖父與聖子所做的事相同，所以他們是一體」。
此外，尼西亞信條中沒有關於聖靈的說明。因此，尼西亞會議之後的基督教沒有達到「聖父=聖靈」「聖子=聖靈」的聖經理解，甚至沒有領悟到聖靈的本質，只有有名無實的「三位一體」一詞作為神學教理流傳下來。
聖經的真理，聖三位一體
聖三位一體作為神學教理，不是值得肯定或否定的內容，而是從初代教會開始就一直強調的聖經真理。真理不是通過召開宗教會議、通過神學家們的辯駁獲得的，而是上帝親自教導的教誨（彌4章1-2節）。
撒但絕對不希望我們擁有了解上帝的知識。因為撒但知道沒有知識就會滅亡（何4章1-6節），為了否認上帝以肉體降臨，把敵基督的靈傳播到了世上。對此感到迷惑的人不是否認聖三位一體，就是嘴上承認三位一體但內心否認，具有雙重信仰。
直到真理的聖靈到來之前，我們能論斷什麼呢？因為他的到來，照出了暗中的隱情，我們掌握了認識上帝的知識，所以從滅亡轉向了生命（林前4章5節）。
根據「他們都要蒙上帝的教訓」（約6章45節）的應許，我們領悟了真理話語，感謝作為聖父、聖子、聖靈常與我們同在直到世界末了的上帝。我們應該向世界萬民傳達認識上帝的正確知識，盡全力引導他們走向救恩之路。