公元325年尼西亚会议上，除了逾越节争论外，另一个重要的议题是关于阿里乌主张的争论。这场争论甚至导致了大量流血事件，成为历史中的一段黑暗篇章。
阿里乌的主张
阿里乌是埃及亚历山德里亚教会的长老，他提出了特殊的主张，引起了争议。总结他的主张如下。
- 基督是穿着肉身的逻各斯（希腊文，λóγoς-“话语”、“真理”）。
- 基督会变，会受苦受难。
- 因此，逻各斯会变，与上帝不同。
阿里乌主张耶稣不是上帝，而是上帝创造的被造物，所以不是永恒的。就像圣父的第一个被造物是圣子一样，圣子的第一个被造物是圣灵。
阿里乌是一个出色的宣传者，他为了自己的教理，把引用的圣经句子以容易背诵的韵诗形式传播开来，这些歌曲在街头被传唱，连渔夫们也跟着唱。
于是，亚历山德里亚主教亚历山大召开了会议，将阿里乌逐出教会。被逐出亚历山德里亚的阿里乌开始在东方各地旅行，说服了几位主教并获得了他们的支持。
随着支持阿里乌的教职人员增多，问题逐渐扩展，基督自使徒时代以来传承下来的“神性”受到了阿里乌的挑战。于是，这个问题不仅仅是亚历山德里亚地区的问题，而是蔓延成了全球性的问题。
尼西亚会议
公元325年，自称为“教会的守护者”、在教会之上居于统治地位的君士坦丁大帝，为了解决逾越节问题和阿里乌问题，召集各地的主教们聚集在尼西亚召开会议。会议期间的费用由皇室承担。
当时，站在阿里乌对立面的人正是亚他那修。他也是亚历山德里亚出身的希腊人，主张上帝与基督是平等的，并坚决反对阿里乌的主张。
在325年的尼西亚会议上，参加的约300位主教中有20多名是阿里乌的追随者。君士坦丁大帝命令所有主教签署尼西亚信条，内容为耶稣基督与上帝同质。他还要求，如果不同意这一内容，就应被定为异端。在这次会议上，阿里乌被定罪，并与未签署信条的利比亚主教德奥纳斯和塞昆德斯一起被流放到伊利里库姆地区。
阿里乌派的反击
两年后，阿里乌宣称自己已经悔改，与他一起被逐出的主教们也重新回到了教会。回归后，他们隐秘地扩展势力，传播教理，并开始对对方进行报复。
他们指控反对派是不道德的人，或者污蔑君士坦丁大帝的母亲海伦娜的名誉。并且他们还攻击了曾是亚历山德里亚教会主教的亚他那修，使他被流放。
支持阿里乌主义的皇帝
336年阿里乌去世，次年君士坦丁皇帝去世。阿里乌的追随者们将阿里乌的主张公论化，扩大了势力。此时，罗马帝国被君士坦丁的三个儿子统治。君士坦丁二世统治西方，君士坦斯统治中部地区，君士坦提乌斯统治东方。君斯坦丁二世因为支持尼西亚教理，从流放地召回了亚他那修。君斯坦斯也支持尼西亚教理，但君斯坦提乌斯却不同。因为他的统治地区是受阿里乌派影响的地方，所以支持了阿里乌派。
不久之后，君士坦丁二世去世，西部地区被君士坦斯统治。10年后君斯坦斯也被暗杀，罗马帝国卷入战争，最终被统治东方的君士坦提乌斯统一。君士坦提乌斯是阿里乌主义的支持者，阿里乌派皇帝统治了罗马全境，他强迫主教们接受圣子不像圣父的教义。罗马主教利贝里乌斯也在被流放前夕接受了这一新教理。
信奉异教的尤利安努斯皇帝
不久后，驻扎在巴黎的罗马军队违背了君士坦丁大帝的命令，引发了暴乱，并宣称他们的领导人尤利安努斯为皇帝。然而，在两军交战之前，君士坦丁大帝去世，尤利安努斯成为了罗马帝国的皇帝。他是君士坦丁大帝的侄子，但并不信仰基督教，而是沉迷于厄吕西尼亚人的神秘宗教，努力恢复古老的异教信仰。他还利用罗马皇帝所拥有的大祭司职权（Pontifex Maximus：罗马宗教界最高职务，作为大祭司负责神与百姓之间的中介。自古以来，罗马皇帝一直担任太阳神教的大祭司，而君士坦丁大帝及其儿子也依此权力干涉教会）为异教神明举行祭祀。
尤利安努斯首先推行了将所有宗教视为平等的政策。于是，长期被排斥的异教得到了复兴，异教徒的数量开始增加。皇帝为了分裂基督教，计划让他们内部相互争斗并造成重大伤害，于是召回了所有被流放的主教。然而，除了非洲地区，其他一直争斗的主教们却更加意识到尤利安努斯和异教的影响，反而开始联合起来。
罗马帝国的分裂和阿里乌主义国家的灭亡
尤利安努斯去世后登基的约维安皇帝是基督徒。之后，基督徒皇帝接连执政，他们对尼西亚信条和阿里乌主义都很宽容。然而，从5世纪中期开始，罗马帝国开始急剧衰落。来自北方的日耳曼部落分割并占领了罗马帝国的领土。此时，基督教的领袖们成为了俘虏，有的开始在这些部落中进行宣教活动，或者自愿进入这些部落进行传道。这时，阿里乌主义者将阿里乌主义的基督教思想传播给了黑如莱、汪达尔和东哥特等民族。然而，这些民族最终被信奉天主教的势力一个个摧毁。
尼西亚信条和阿里乌主义的影响
此后，尼西亚信条被接受为基督教的正统教理。即使是主导中世纪宗教黑暗时代的天主教，以及宗教改革后出现的众多新教派，也将尼西亚信条作为基本教理，称之为“三位一体”。然而，仍然有一些教派，如耶和华见证人，否认基督的神性，并主张圣父与圣子在本质上存在差异，这可以说是“现代版的阿里乌主义”。
尼西亚信条的局限性
尼西亚会议虽然否定了阿里乌主义，采纳了圣父与圣子平等的信条，但尼西亚信条仍未能接近“圣三位一体”真理的核心。尼西亚信条中，耶稣基督被称为“圣父的独生子”和“与圣父同质”，从而提出了“圣父=圣子”的概念，但这个概念仍然模糊不清。因此，直到今天，许多信奉三位一体的基督徒和神学家们，虽然容易承认“耶稣基督是上帝的儿子”，但却难以直接承认“耶稣基督就是上帝”这一部分。
因此，他们有时会传达一种奇怪的三位一体教理，如“圣父与圣子所做的事相同，所以他们是一体”。
由于这种圣经知识的缺乏，教会历史上接连出现了强调基督人性的类似阿里乌主义，通过圣经的强解，出现了谩骂基督神性的结果。
此外，尼西亚信条中没有关于圣灵的说明。因此，尼西亚会议之后的基督教没有达到“圣父=圣灵”“圣子=圣灵”的圣经理解，甚至没有领悟到圣灵的本质，只有有名无实的“三位一体”一词作为神学教理流传下来。
圣经的真理，圣三位一体
圣三位一体作为神学教理，不是值得肯定或否定的内容，而是从初代教会开始就一直强调的圣经真理。真理不是通过召开宗教会议，通过神学家们的辩驳获得的，而是上帝亲自教导的教诲（弥4章1∼2节）。
撒但绝对不希望我们拥有了解上帝的知识。因为撒但知道没有知识就会灭亡（何4章1∼6节），为了否认上帝以肉体降临，把敌基督的灵传播到了世上。对此感到迷惑的人要么否认圣三位一体，要么嘴上承认三位一体，但内心否认，具有双重信仰。
直到真理的圣灵到来之前，我们能论断什么呢？因为他的到来，他要照出暗中的隐情，我们掌握了认识上帝的知识，所以从灭亡转向了生命（林前4章5节）。
根据“他们都要蒙上帝的教训”（约6章45节）的应许，我们领悟了真理话语，感谢作为圣父、圣子、圣灵常与我们同在，直到世界末了的上帝。我们应该向世界万民传达认识上帝的正确知识，尽全力引导他们走向救恩之路。